• Thân phụ: Thế Tông Túc Hoàng đế Chu Hậu Thông.
• Thân mẫu: Hiếu Khác Hoàng hậu Đỗ thị (孝恪皇后杜氏, 1510 - 1554), người ở Đại Hưng, là phi tần của Thế Tông với sơ phong là Khang phi (康妃). Sau khi qua đời, được truy tôn là Vinh Thục Khang phi (荣淑康妃). Đến khi Mục Tông kế vị, mới được truy tặng Hoàng hậu.

Hậu phi

1. Hiếu Ý Trang Hoàng hậu Lý thị (孝懿皇后李氏, ? - 1558), người Xương Bình, cha là Lý Minh (李铭). Chính thất vương phi khi chưa đăng cơ, qua đời trước khi Mục Tông lên ngôi. Sinh ra Hiến Hoài Thái tử, Tĩnh Điệu vương Chu Dực Linh và Bồng Lai công chúa.
2. Hiếu An Hoàng hậu Trần thị (孝安皇后陈氏, ? - 1596), người Thông Châu, cha là Cẩm y vệ Cố An bá Trần Cảnh Hành (固安伯陳景行). Thời Minh Thần Tông, được tôn làm Nhân Thánh Hoàng thái hậu (仁圣皇太后). Không có con.
3. Hiếu Định Hoàng hậu Lý thị (孝定皇后, 1540 - 1612), người Thông Châu, cha là Vũ Thanh bá Lý Vỹ Phong (武清伯李伟封). Bà vào cung được phong Quý phi, sinh ra Minh Thần Tông, tôn phong làm Từ Thánh Hoàng thái hậu (慈圣皇太后).
4. Tần Thục phi (秦淑妃), cha là Tần Phụng (秦奉), sinh hạ Tê Hà Công chúa chết yểu, sau khi qua đời được ban thuỵ là Đoan Tĩnh Thục phi (端静淑妃)
5. Lưu Trang phi (劉莊妃, ? - 1582), cha là Cẩm y vệ Chính thiên hộ Lưu Hiền (刘贤), thuỵ là Cung Huệ Trang phi (恭惠莊妃)
6. Lý Đức phi (李德妃, ? - 1632), thọ hơn 80 tuổi, cha là Cẩm y vệ Chính thiên hộ Lý Nại (李柰)
7. Vương Vinh phi (王榮妃, ? - 1580), cha là Cẩm y vệ Chính thiên hộ Vương Trạch (王泽), thuỵ là Trang Hy Vinh phi (庄僖榮妃)
8. Nguỵ Anh phi (魏英妃)
9. Lý Cung phi (李恭妃)
10. Đổng Đoan phi (董端妃)
11. Trang Kính phi (莊敬妃)
12. Hứa Anh phi (許英妃)
13. Tiền An phi (錢安妃)
14. Tề Kính phi (齊敬妃)
15. Ngô Cung phi (吳恭妃)
16. Giang Hiền phi (江賢妃)
17. Diệp Kỳ phi (葉奇妃)
18. Vu Ý phi (于懿妃)
19. Hàn Dung phi (韓容妃)
20. Dương An phi (楊安妃)
21. Triệu Hoà phi (趙和妃)
22. Mã Huệ phi (馬惠妃)

Hậu duệ

Hoàng tử

Hoàng nữ